Speziesidentifizierung mittels vergleichender Sequenzanalyse des mitochondrialen 12S-rRNA-Gens

RNA (rRNA), die eine wichtige, primär funktionale Rolle in der
Zellphysiologie einnimmt. Die Gene dieser rRNA lassen sich in
hochkonservierte und hochpolymorphe Bereiche unterscheiden. Während
in den konservierten Regionen kaum Mutationen zu finden sind,
werden in den polymorphen Abschnitten je nach Grad der
Verwandtschaft große Sequenzunterschiede zwischen den verschiedenen
Tierarten beobachtet. Individuen einer Art zeigen diese
Unterschiede nicht. Somit können diese artspezifischen Abweichungen
dazu genutzt werden, biologische Materialien unbekannter Herkunft
einer bestimmten Tierart zuzuordnen. Mit der Amplifikation und
anschließenden Sequenzierung eines Bereiches innerhalb des
mitochondrialen 12S-Gens sowie der Auswertung bereits publizierter
Sequenzen gelingt die Identifizierung einer Spezies anhand von 20 –
25 Basen. Dazu kann neben der etablierten Methode der Sequenzierung
nach Sanger auch die Technik der Pyrosequenzierung genutzt werden.
Die Ergebnisse zeigen die Möglichkeit der Identifizierung
verschiedener Arten durch die Analyse kurzer Fragmente ihrer
12S-Gen-Sequenz. Dazu reicht die Amplifikation des gewünschten
Fragmentes mit Hilfe eines Primerpaares. Für degradierte DNA wurde
ein alternativer Rückprimer getestet, der die Amplifikation eines
kürzeren Sequenzabschnittes ermöglicht. Es wurden insgesamt 91
Proben verschiedener Tiere analysiert, die sich aus 8
Säugetier-Arten, 2 Fisch-Arten und 3 Vogel-Arten zusammen setzten.
Zudem kann und wird die Methode bereits bei Fragestellungen in der
forensischen Routine angewendet.