A genome-wide analysis of protein-protein interactions in Kaposi’s sarcoma-associated herpesvirus (KSHV)

ZUSAMMENFASSUNG Das Kaposi Sarkom assozierte Herpesvirus (KSHV)
oder humanes Herpesvirus 8 (HHV-8) ist das zuletzt entdeckte humane
Herpesvirus. Es gilt als das infektiöse Agens des Kaposi Sarkoms
(KS), des Primary Effusion Lymphoms (PEL) und der Multicentric
Castleman’s Disease (MCD). Ähnlich wie andere Spezies der Familie
der Herpesviren kodiert es für die vergleichsweise hohe Zahl von
mindestens 89 viralen Proteinen. Die meisten von ihnen wurden
bisher nicht näher funktionell charakterisiert. Um nähere
Informationen über die Funktion dieser Proteine zu erhalten, wurde
im Rahmen dieser Studie eine genomweite Analyse von viralen
Protein-Protein-Interaktionen durchgeführt. Zu diesem Zweck wurden
alle KSHV „open reading frames“ kloniert und in einer Yeast
two-hybrid (Y2H) Matrix Analyse auf Protein-Protein Interaktionen
gescreent. In diesen Screen wurden sowohl komplette Proteine als
auch Protein-Fragmente eingefügt, so dass insgesamt mehr als 12.000
virale Protein-Interaktionen getestet und letztlich 125
Protein-Interaktionen identifiziert werden konnten (71 % der bisher
bekannten intraviralen Protein-Interaktionen konnten in dieser
Studie ebenfalls nachgewiesen werden). Um die Ergebnisse aus dem
Y2H-Screen abzusichern und um ein Set von
„high-confidence“-Interaktionen zu generieren, wurden alle
positiven Y2H-Interaktionen erneut duch Co-Immunoprezipitationen
(Co-IP) getestet. Auf diese Weise konnten zirka 50 % der
Interaktionen bestätigt werden. Die erweiterte bioinformatische
Analyse des viralen Protein-Interaktionsnetzwerkes zeigte deutliche
Unterschiede zu zellulären Netzwerken auf. Diese Studie bietet
zudem eine Vielzahl neuer biologischer Ansätze an, welche es
künftig noch im Detail zu untersuchen gilt. Weiter könnten diese
Untersuchungsergebnisse zu einem vertieften Verständnis der viralen
Pathogenese und möglicherweise zu neuen Ansatzpunkten für
therapeutische Strategien führen.