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08.09.2015
1 Minute
Bacteria necessitate multiple signal transduction systems to sense
the ever-changing environments and mediate the cellular response
accordingly. The major bacterial signal transduction systems are
one-component system (1CS), two-component system (2CS) and
extracytoplasmic function (ECF) σ factor. Compared to 1CSs and
2CSs, ECF σ factors have only been identified much later and
therefore the knowledge about their molecular mechanisms and
physiological roles is less profound. This thesis mainly focuses on
the study of ECF σ factors from the bacterial phyla, Planctomycetes
and Actinobacteria.
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30.07.2015
1 Minute
Polarity is a fundamental feature of almost all cells. It generally
refers to the asymmetric organization of several cellular
components. The plasma membrane, for example, exhibits both a
transbilayer and a lateral asymmetry in most eukaryotic cells.
Lipids are asymmetrically distributed between the cytoplasmic and
the extracellular leaflet of the membrane and segregate laterally
together with specific proteins to form dynamic nanoscale
assemblies, known as rafts. Polarity can also specifically describe
the asymmetric distribution of key molecules within a cell. These
molecules, known as polarity determinants, can orient a multitude
of specialized cellular functions, such as cell shape, cell
division and fate determination. In the framework of this thesis,
we aimed to reconstitute essential features of membrane unmixing
and cell polarity with a "bottom-up" synthetic biology approach. We
worked with both: pure lipid systems, whose unmixing is driven by
the asymmetric distribution of lipids in the two leaflets, and a
lipid-protein system, whose polarization is instead due to
reaction-diffusion mechanisms. In both cases, we used Giant
Unilamellar Vesicles (GUVs) and Sup- ported Lipid Bilayers (SLBs)
to model biological membranes and employed modern biophys- ical
techniques, such as fluorescence correlation spectroscopy, to
quantitatively characterize lipid bilayers and protein-lipid
interactions. In the pure lipid systems, we first reconstituted
membrane transbilayer asymmetry, applying a cyclodextrin-mediated
lipid exchange method, which enables us to enrich membranes with
lipids of choice. The enrichment of the membrane with sphingomyelin
and/or cholesterol triggers the segregation of lipids into two
coexisting asymmetric phases both in SLBs and GUVs, whereas
exchanging different amounts of phosphatidylglycerol with the outer
leaflet of the GUV membranes controls vesicle shape. Tuning the
lipid content of model membranes revealed that small changes in the
composition of one leaflet affect the overall lipid miscibility of
the bilayer and that membrane shape transformations are possible
also in absence of a protein machinery and as a consequence of the
lipid redistribution in the membrane. In the protein-lipid system,
we aimed to reconstitute a minimal polarization system inspired by
the C. elegans embryo at one-cell stage, which polarize along the
anterior-posterior axis by sorting the PARtitioning defective (PAR)
proteins into two distinct cortical domains. In this system
polarity is maintained by the mutual inhibition between anterior
(aPARs: PAR-3, PAR-6 and PKC-3) and posterior (pPARs: PAR-1, PAR-2
and LGL-1) PARs, which reciprocally antagonize their binding to the
cortex, mutually excluding each other. We focused on LGL-1, which
acts directly on PAR-6. Submitting LGL-1 to model membranes allowed
us to identify a conserved region of the protein that binds
negatively-charged membranes and to determine its lipid binding
affinity and specificity. Selected LGL-1 mutants were then gen-
erated to better understand the electrostatic mechanism involved in
the membrane binding. LGL-1 was finally combined with PKC-3 to
generate a functional membrane binding switch.
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28.07.2015
1 Minute
Adulte Weichgewebesarkome (engl. soft tissue sarcoma; STS) werden
zu einer Gruppe seltener maligner und teilweise aggressiver Tumoren
klassifiziert, die eine Tendenz zur Bildung von hämatogenen
Fernmetastasen aufweisen. Die Kombination der Regionalen
Hyperthermie mit einer Chemotherapie erwies sich in vorangegangenen
Studien als eine vielversprechende Behandlungsoption beim
lokalisierten Hochrisiko STS. Es wurde gezeigt, dass eine
neoadjuvante Chemotherapie mit Regionaler Hyperthermie bei diesen
Sarkomen das Tumoransprechen, das lokale progressionsfreie und das
krankheitsfreie Überleben im Vergleich zu einer alleinigen
Chemotherapie signifikant verbessert. Auf zellulärer Ebene
induziert ein Hitzeschock (HS) bei klinisch relevanten Temperaturen
(41,8°C/43°C) unter anderem eine temporäre Defizienz der Homologen
Rekombinationsreparatur (HR), einem essentiellen Mechanismus für
die fehlerfreie Reparatur von DNA-Doppelstrangbrüchen (DSB). Dies
steht im Zusammenhang mit einer hitzeinduzierten proteosomalen
Degradierung von BRCA2, einer unerlässlichen Komponente der HR.
Trabectedin (Tr) ist eine antiproliferativ wirksame Substanz, die
ursprünglich aus dem marinen Tunikat Ecteinascidia turbinata
isoliert wurde. Die vielfältigen zytotoxischen Aktivitäten von Tr
umfassen neben dem Interferieren mit der aktivierten Transkription
und der Modulation der Tumor-Mikroumgebung hauptsächlich die
Induktion von DSBs. Seit 2007 wird Tr in der Zweitlinientherapie
zur Behandlung refraktärer STS, sowie bei Patienten eingesetzt, bei
denen die Erstlinientherapie (Ifosfamid und/oder Doxorubicin) nicht
angewendet werden kann. In Anbetracht der hitzeinduzierten
Inaktivierung von BRCA2 und den DNA schädigenden Eigenschaften von
Tr wurde in dieser Arbeit untersucht, ob und wie die Hyperthermie
zu einer Wirkungsverstärkung der zytotoxischen Effekte von Tr
beitragen kann. Tr bewirkt in vitro bei Zelllinien
unterschiedlicher Sarkomentitäten (U2Os, SW872, SW982) eine
dosisabhängige Reduktion des klonogenen Überlebens, das durch einen
HS zusätzlich verstärkt wird. Die erhöhte antiproliferative
Aktivität von Tr nach einem HS wird als thermale Chemosenitivierung
definiert. Zudem konnte durch die Analyse der DNA-Verteilung bei
U2Os und SW872 Zellen eine Intensivierung und Verlängerung der
Tr-induzierten G2/M-Blockade nachgewiesen werden. Darüber hinaus
wurden Zelllinien-spezifische Unterschiede bezüglich einer
behandlungsinduzierten Apoptoseinduktion oder Senseszenzantwort
identifiziert. SW872 Zellen weisen einen dosis- und
temperaturabhängigen Anstieg des Anteiles apoptotischer Zellen auf,
der mit einer starken Aktivierung der Effektorcaspasen 3 und 7
einhergeht. Dem entgegen gehen U2Os Zellen in eine ausgeprägte
behandlungsinduzierte zelluläre Seneszenz über. Anhand der
quantitativen Analyse Tr-induzierter H2AX Foci hat sich ein
relevanter Anstieg an DSBs durch eine zusätzliche Hitzeexposition
herausgestellt, der eine Beeinträchtigung der BRCA2-vermittelten
vollständigen Assemblierung der DNA-Reparaturfoci vermuten lässt.
Die Hypothese einer thermalen Chemosensitivierung gegenüber Tr
durch eine hitzeinduzierte HR-Defizienz – insbesondere im Rahmen
der hitzeinduzierten BRCA2 Degradierung – wurde zudem durch das
Ausbleiben der hitzebedingten Verstärkung der Tr-induzierten
Zytotoxizität bei BRCA2-defizienten Zellen bekräftigt. Darüber
hinaus wurde durch Hochdurchsatzanalysen bestätigt, dass eine
hitzevermittelte, erhöhte antiproliferative Aktivität von Tr nach
einem Knockdown zahlreicher HR-spezifischer Komponenten ausbleibt.
Durch Hochdurchsatzanalysen sowie durch anschließende
Validierungsexperimente wurden Proteine identifiziert, die sich als
relevant für weitere präklinische und klinische Untersuchungen
herausgestellt haben. Die Proteine BRCA1, PARP1 und CHEK1 stellen
dabei potentielle molekulare Marker für ein Tumoransprechen auf die
Kombinationstherapie von Tr und Hyperthermie dar. Deren Inhibition
erwies sich zudem als eine weitere Strategie, um die Effektivität
der ursprünglichen Behandlung zusätzlich zu erhöhen. Darüber hinaus
wurde die Funktion von FANCD2 als prädiktiver Marker und von ERCC1
als Resistenzmarker für das Therapieansprechen einer alleinigen
Tr-Behandlung in vitro bestätigt. Die herausgearbeitete thermale
Chemosensitivierung gegenüber Tr mit Hyperthermie durch die
induzierte HR-Defizienz mittels passagerer BRCA2 Degradierung
(induzierte synthetische Letalität) sowie die Identifizierung
weiterer Proteine, deren medikamentöse Inhibition die Effektivität
der Kombinationsbehandlung zusätzlich erhöhen könnte, eröffnen neue
Möglichkeiten in der Therapie solider Tumoren.
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Über diesen Podcast
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Auf iTunes U stellt die UB unter anderem eine Auswahl an
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bereit. (Dies ist der 5. von 6 Teilen der Sammlung 'Fakultät für
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