podcast.de
Anmeldung
Anmeldung Registrierung
Auto Hell Dunkel
Erweiterte Suche
  1. Startseite
  2. Podcasts
  3. Medizin - Open Access LMU - Teil 14/22 Podcast
  4. Inferring topology from clustering coefficients in protein-protein interaction networks
Background: Although protein-protein interaction networks
determined with high-throughput methods are incomplete, they are
commonly used to infer the topology of the complete interactome.
These partial networks often show a scale-free behavior with only a
few proteins having many and the majority having only a few
connections. Recently, the possibility was suggested that this
scale-free nature may not actually reflect the topology of the
complete interactome but could also be due to the error proneness
and incompleteness of large-scale experiments. Results: In this
paper, we investigate the effect of limited sampling on average
clustering coefficients and how this can help to more confidently
exclude possible topology models for the complete interactome. Both
analytical and simulation results for different network topologies
indicate that partial sampling alone lowers the clustering
coefficient of all networks tremendously. Furthermore, we extend
the original sampling model by also including spurious interactions
via a preferential attachment process. Simulations of this extended
model show that the effect of wrong interactions on clustering
coefficients depends strongly on the skewness of the original
topology and on the degree of randomness of clustering coefficients
in the corresponding networks. Conclusion: Our findings suggest
that the complete interactome is either highly skewed such as e.g.
in scale-free networks or is at least highly clustered. Although
the correct topology of the interactome may not be inferred beyond
any reasonable doubt from the interaction networks available, a
number of topologies can nevertheless be excluded with high
confidence.

Weitere Episoden

External quality assessment of urinary methylmalonic acid quantification - results of a pilot study

External quality assessment of urinary methylmalonic acid quantification - results of a pilot study

vor 19 Jahren
Use of novel serum markers in clinical follow-up of Sertoli-Leydig cell turnours

Use of novel serum markers in clinical follow-up of Sertoli-Leydig cell turnours

vor 19 Jahren
Free serum cortisol: quantification applying equilibrium dialysis or ultrafiltration and an automated immunoassay system

Free serum cortisol: quantification applying equilibrium dialysis or ultrafiltration and an automated immunoassay system

vor 19 Jahren
Die Biegestabprothese: ein experimenteller Ansatz zur metaphysären Hüftendoprothetik

Die Biegestabprothese: ein experimenteller Ansatz zur metaphysären Hüftendoprothetik

vor 19 Jahren
ASCO 2007: What remains important for breast cancer systemic therapy in the routine setting?

ASCO 2007: What remains important for breast cancer systemic therapy in the routine setting?

vor 19 Jahren
Alle Episoden anzeigen
In Podcasts werben
Schalte jetzt Werbung in Podcasts.
Episode melden

„Inferring topology from clustering coefficients in protein-protein interaction networks“

Worum geht es? Danach fragen wir noch nach dem Grund.

Abonnenten

Teilen

Mein Archiv

Deine Privatkopie der Folgen, die du nicht verlieren willst.

Podcast-Folgen verschwinden. Feeds werden auf die letzten Episoden gekürzt, Hoster räumen alte Dateien ab, Formate wechseln den Anbieter und lassen ihr Archiv zurück. Mit „Mein Archiv“ sichert podcast.de die Folgen deiner Podcasts für dich — angefangen bei den ältesten, denn die sind zuerst weg.

  • Deine gesicherten Folgen bleiben hörbar, auch wenn das Original offline geht.
  • Auch Folgen, die im heutigen Feed gar nicht mehr stehen — podcast.de kennt sie noch.
  • Herunterladen bleibt möglich, solange die Folge beim Podcaster liegt. Der zählt seine Abrufe wie bisher.
Startet bald

Sei beim Start von Mein Archiv dabei

Mein Archiv ist fast fertig. Trag dich ein, dann bekommst du eine E-Mail, sobald es losgeht – und bist von Anfang an dabei. Wir schreiben dir nur zum Start, keine Werbung, keine Weitergabe deiner Daten.

Du bekommst zuerst eine Bestätigungsmail. Abmelden geht jederzeit. Datenschutz